Проблема низких заработных плат большей части научных сотрудников, поднятая научным сотрудником Института цитологии СО РАН Анастасией Проскуриной, характерна для всех региональных отделений РАН, а не только для ученых Сибири. Заработная плата научных и младших научных сотрудников институтов РАН действительно не составляет 200% по отношению к среднему доходу от трудовой деятельности по региону. Однако это лишь часть проблемы, пусть и достаточно болезненная.
Бюджетное финансирование институтов основано на нормо-часах только научных сотрудников. Примерно 80% поступающей бюджетной субсидии на выполнение государственного задания тратится на фонд оплаты труда всех работников. Остальные 20% субсидии уходят на налоги, коммунальные услуги и минимальное жизнеобеспечение института. Такого финансирования хронически не хватает на проведение полноценных научных исследований, которые помимо выплат заработной платы требует обновления оборудования, приобретения химреактивов, сохранения биологических и иных коллекций, проведения экспедиционных работ и др. Необходимо отметить, что бюджетного финансирования хватает на увеличение заработной платы научных сотрудников только до 140–150% от среднего по региону. Доведение зарплат ученых до 200% осуществляется только за счет внебюджетной деятельности, через гранты и хозяйственные договоры, заключение которых зависит от многих обстоятельств (прежде всего от общей экономической ситуации в стране) и не является гарантированным.